Il se trouve à proximité du centre historique, dans la zone du même nom, à l’est du centre urbain d’Irún, sur les berges de l’Estebenea, affluent de la Bidassoa.
L’ermitage, au pied du mont Ibaieta, est situé de près de l’ancien chemin qui reliait le gué de la Bidassoa aux routes intérieures. L’ermitage est également connu sous le nom de «Ama Xantalen».
Sa grande importance réside dans sa fonction de lieu de culte durant vingt siècles et dans la présence de vestiges archéologiques. Le vestige le plus remarquable est certainement un temple romain datant d’avant le ier siècle, ainsi que les ruines d’une nécropole indigène. C’est, en outre, la seule église du xème siècle en Gipuzkoa.
L’ermitage actuel, qui remonte probablement au xivème siècle, est un édifice de forme rectangulaire, couvert d’une toiture à quatre versants et ceint de murs et pierre de taille, avec un portail de style isabélin. Son intérieur a été récemment restauré et converti en musée, où l’on peut désormais admirer une partie des vestiges archéologiques exhumés. À proximité se trouve une fontaine publique, de style baroque, faite de pierre et surmontée d’une voûte en ogive. L’image de la sainte occupe une niche dans la partie centrale. Les objets d’époque romaine découverts lors des fouilles de Santa Elena ont, de part leur rareté, une grande importance dans la région environnante (depuis la Vasconie jusqu’au tronçon littoral qui relie la Cantabrique à l’Aquitaine).
Pour les habitants d’Irún, la tradition veut que l’ermitage de Santa Elena soit antérieur à l’église de Nuestra Señora del Juncal, dont la construction de l’édifice tel qu’il est aujourd’hui remonte au début du xvième siècle.
La référence la plus ancienne à l’ermitage remonte à l’an 1530 et apparaît dans un testament. Six ermitages sont cités en 1673 pour la ville d’Irún : Santa Elena, San Marcial, San Antonio, Artiga, Elizatxo et San Antón.
À l’époque, l’ermitage jouait un rôle relativement important dans la vie populaire de la cité. La confrérie de Santa Lucía, qui y avait son siège organisait, au xviiième siècle jusqu’à sept processions par an, avec l’assistance du Chapitre paroissial et du Conseil municipal. Diverses messes solennelles et fêtes populaires y étaient aussi célébrées.
La restauration de l’ermitage de Santa Elena par la Municipalité d’Irún fut l’occasion en 1971 d’autoriser à nouveau la prospection archéologique du terrain et des alentours de l’ermitage.
Grâce à ces sondages de prospection, deux types de vestiges archéologiques furent mis à jour à l’intérieur de l’ermitage : une série de murs correspondant à des édifications antérieures et un lot de céramiques (morceaux de vases et tuiles), attribués aux Romains. Peu après fut dressé un plan de fouille exhaustif du site de Santa Elena.
Les excavations de 1971 et 1972 exhumèrent une nécropole d’incinération de morphologie «romaine» (physique et rituelle), mais relevant dans la typologie d’une bonne part de ses urnes de goûts indigènes «vascons». Cette nécropole accueillait les défunts d’une société indigène, qui entretenait ses traditions propres tout en montrant des signes évidents de «romanisation» dans ses accessoires (coffrets à onguent, perles de verre, broches, etc.). Les trois monuments funéraires en pierre confèrent un cachet particulier à cette nécropole.
À l’intérieur de l’ermitage, un musée monographique a été créé avec les matériaux retrouvés, suite à la restauration de l’édifice et à sa réouverture au culte.
Le 13 décembre 1981, le temple de Santa Elena a officiellement été rouvert au public, dix ans après le début des interventions archéologiques.
Dans son actuelle configuration, le musée a été aménagé et inauguré en 1989. Dans un espace dédié situé sous le chœur, se trouvent les différents objets exposés (céramique d’incinération, monnaies, ustensiles, etc.), accompagnés des panneaux explicatifs, qui nous montrent et nous expliquent la présence romaine dans la Bidassoa, dans le détail des activités quotidiennes, économiques et religieuses des habitants de la région. Dans le chœur sont situés les supports explicatifs audiovisuels et, depuis la balustrade, le visiteur peut admirer la nécropole romaine aménagée suite aux fouilles.