Eraikuntza-lanek luze jo zutenez era askotako arte-estiloak daude ikusgai tenplu honetan
Junkal Eliza 1508. urtean hasi ziren eraikitzen eta 1606an amaitu zuten; eraikuntza-lanek luze jo zutenez era askotako arte-estiloak daude ikusgai tenplu honetan; honenbestez, molde gotikoaren azken urtetako ezaugarriekin batera "euskal gotikoaren" araberako atalak aurkezten dira.
Kanpoko aldetik silarrian landutako eraikin handi eta ikusgarria da, horma-bular edo kontrahorma sendoak dauzka, eta apaindura gutxi: fatxadan, XVII. mendeko eta estilo barrokoaren araberako ataria eta estilo gotikoko gargolak, zerua urratzen dutenak. Orain dela 20 bat urte teilategalak berritu zituztenean, gargola gehienak estali egin zituzten, eta gaurko egunean nekez ikusten dira.
Oin angeluzuzeneko eraikina da, altuera berdineko hiru nabe eta burualde lauko absidea ditu. Parterik zaharrena absidearen ingurua da, eta bertan, hormari itsatsitako zutabeetan, molde gotikoko ezaugarriak azaltzen dira.
Zutabe klasikoek eusten diete absideko eta koruko gangei. Beste ganga guztiak XX. mendean berritu zituzten. Aldare Nagusiko Erretaula Barrokoa, Madrilgo Bernabe Cordero jaunak diseinatu zuen eta bertako santuen irudiak Nafarroako Juan Bazkardok egin zituen, XVII. mendearen erdialdean.
Erretaulari hurrengo mendean eman zioten urre kolorea.
Erretaularen buruan Junkaleko Ama Birjinaren irudi gotikoa aurkezten da, Gipuzkoan ezagutzen den irudirik zaharrena. 1973. urteko ekainean Espainiako Monumentu Historiko-Artistiko izendatu zuten eraikin hau.